Il territorio comunale di Ponzano si trova nella valle del Tevere, dove il fiume forma ampie anse e suggestivi paesaggi tra cui la caratteristica forma di un "fiasco"[4] creato dai meandri del Tevere[5]. Il centro storico è stato edificato su un terrazzo fluviale del Tevere, la restante parte del territorio comunale ha un andamento collinare verso occidente. Una parte del territorio comunale di Ponzano romano, costituisce un'isola amministrativa che si trova in area golenale del Tevere ed è circoscritta tra i comuni di Sant'Oreste, Civita Castellana e Poggio Sommavilla, frazione di Collevecchio.
Pare che la sua origine sia proprio collegata al fiume. Il nome del paese deriverebbe secondo alcuni da "pons Jani", ponte di Giano o forse dalla "gens Pontia", famiglia romana proprietaria di una villa e di terreni nella zona.[senza fonte] Sempre legato al fiume è attestata l'esistenza di un porto fluviale.[6]
A partire dall'VIII secolo troviamo i Benedettini insediati nell'Abbazia di S. Andrea in flumine, i quali presero possesso nella metà dell'XI secolo, del "fundus" di Ponzano. Se le prime notizie di Ponzano risalgono all'VIII secolo, epoca in cui tale località appartenne all'Abbazia di Farfa, sempre attraverso le fonti storiche, il primitivo nucleo abitativo risulta già costituito prima della fine del XIII secolo.[senza fonte]
Tuttavia all'interno del borgo le tracce monumentali più antiche non sono anteriori al secolo XIV, mentre alcune di esse lasciano intravedere un sistema difensivo di abitazioni fortificate disposte a chiusura dell'abitato. È possibile infatti individuare l'originario borgo di Ponzano, nel periodo etrusco, come un'area con nuclei abitati posti a controllare, sulla sponda destra, l'attività sul fiume acquisito come linea di confine con i Sabini insediati sulla sponda sinistra.[senza fonte]
Il territorio comunale è attraversato dall'autostrada A1, la SP 20/a collega Ponzano a Filacciano (via tiberina), mentre la SP 30/b collega Ponzano a Sant'Oreste.
Ferrovie
Fra il 1906 e il 1932 la località era servita da una fermata, posta in località Cave, della tranvia Roma-Civita Castellana, gestita dalla Società Romana per le Ferrovie del Nord (SRFN). Dopo il 1932 la tramvia divenne ferrovia, mantenendo la fermata di Ponzano che, a causa della notevole distanza, ebbe sempre un traffico scarso, fino alla soppressione avvenuta negli ultimi anni.