Il partito è stato fondato nel 1895, con posizioni cattolicheconservatrici e fortemente autonomiste da Sabino Arana Goiri, suo presidente fino al 1903 e creatore anche della bandiera basca, l'Ikurrina, e del nome della patria, Euskadi. Nel 1921, il partito si divise in Comunión Nacionalista Vasca, moderati, e Aberri, indipendentisti. Nel 1930 i due movimenti, dopo il governo di Miguel Primo de Rivera, si riunirono assumendo il nome originario di Partito Nazionalista Basco. Dal partito, però si staccò la Acción Nacionalista Vasca, di indole terrorista, che assunse posizioni non-confessionali e moderatamente di sinistra e si alleò con i movimenti di ispirazione socialista e repubblicana.
José Antonio Aguirre sviluppò l'anima sociale del partito, trasformandolo in un partito centrista, schierandosi contro il franchismo durante la guerra civile spagnola e dopo di essa. Primo Lehendakari (presidente" di un governo basco autonomo dal 7 ottobre 1936, l'occupazione di Bilbao da parte delle truppe franchiste il 19 giugno 1937 lo costrinse alla fuga in Catalogna e di lì nel gennaio 1939 all'esilio in Francia dove morì.
Tra il 1937 ed il 1975, il Partito Nazionalista Basco aderisce al "Fronte Popolare", un'alleanza di partiti socialisti, repubblicani e borghesi liberali. Lo scopo della partecipazione a quest'alleanza era quello di assicurare la nascita della Repubblica in Spagna e uno statuto d'autonomia per i Paesi Baschi. Negli anni cinquanta, il partito ha assistito all'abbandono di molti esponenti del movimento giovanile Euzko Gaztedi, che sono entrati a far parte dell'ETA. Tra il 1975 ed il 1977, molti esponenti del PNV furono costretti ad andare in esilio a causa della dittatura franchista. Dopo il ritorno del paese alla democrazia, il PNV ha di fatto partecipato a tutti i governi della regione basca, da solo dal 1980 fino al 1986 (con Carlos Garaikoetxea come secondo Lehendakari dopo Aguirre), e poi più volte sostenuto i governi nazionali, in particolare quelli a guida socialista. Nel 1986, il partito ha subito la scissione della corrente più socialdemocraticaEusko Alkartasuna (Solidarietà Basca), che si è costituita in partito autonomo, pur mantenendo un'allenanza costante con l'EAJ-PNV.
Nel 2007 l'EAJ-PNV ha formato un governo di coalizione con Eusko Alkartasuna (EA) ed Ezker Batua Berdeak, analogo basco di Izquierda Unida, in un particolare tripartito federalista, esprimendo il lehendakariIbarretxe. Questi promosse una riforma statutaria che riconoscesse il diritto dei baschi a decidere del proprio futuro, senza trovare supporto nelle Corti Generali.
Dopo tre anni di governo del PSE-EE in Euskadi, nel 2012 il PNV ha recuperato la guida del governo. Il nuovo lehendakari, Iñigo Urkullu, ha vinto anche nelle elezioni del 2016; al governo col PSE-EE, ha presentato nel 2019 una nuova proposta, più temperata, di riforma dello Statuto.[9]
Inoltre, la coalizione Nafarroa Bai, di cui l'EAJ-PNV fa parte con altri gruppi nazionalisti baschi di centro e di sinistra, è al governo con il Partito Socialista Navarro e Podemos nella comunità forale di Navarra/Nafarroa (grazie all'astensione di Euskal Herria Bildu; al jeltzale Unai Hualde è stata riservata la presidenza del Parlamento di Navarra.[10]
Nel dicembre 2019 Pedro Sánchez e Andoni Ortuzar (presidente dell'EBB) firmano un patto che impegna il governo spagnolo, sostenuto esternamente dal PNV, a riconoscere l'identità nazionale basca attraverso riforme istituzionali, a realizzare trasferimenti di competenze ai Paesi Baschi e ad adeguare la Costituzione del 1978 alla realtà plurinazionale dello Stato spagnolo.[11]
La direzione nazionale (Euskadi Buru Batzar o EBB) del partito, che ha sede a Bilbao, dopo il ritorno alla democrazia in Spagna è stata presieduta da:
L'Euzko Gaztedi Indarra (lett. "associazione della gioventù basca"; EGI) è l'ala giovanile del partito. Secondo lo statuto l'associazione si definisce come un'organizzazione basca, democratica, pluralista, partecipativa, con aspirazioni indipendentiste e umaniste in un quadro di rispetto per l'identità dei popoli e dei diritti umani.
Ci sono altre associazioni legati alla EGI come:
Lurgorri Ikasle Elkartea, associazione studentesca
Gogorregi Konpartsa per l'organizzazione di festività a Bilbao
Gaztetxoak, gruppo ricreativo.
Ausartu Euskaraz, associazione culturale per la promozione della lingua basca
«Como consecuencia de ello, en septiembre de 1986 los partidarios de Garaikoetxea creaban Eusko Alkartasuna (EA), que se definió como un partido socialdemócrata, frente al democristiano PNV, e independentista, frente a la tradicional ambigüedad del PNV sobre su meta final»
«De hecho la alta fragmentación de la oferta nacionalista en la comunidad autónoma ha imposibilitado las mayorías absolutas, de modo que el PNV, de centro-derecha, nunca ha gobernado en solitario sino en coalición»
«Además, hay que contar con las formaciones políticas de ámbito no estatal, dominantes en el centro derecha en algunas comunidades autónomas, como CiU en Cataluña y el PNV en el País Vasco»
^ab(EN) Eduardo Ruiz Vieytez, A New Political Status for the Basque Country? (PDF), su ecmi.de, Journal on Ethnopolitics and Minority Issues in Europe JEMIE. URL consultato l'8 settembre 2022 (archiviato dall'url originale il 27 marzo 2014).
«PNV is a pro- (Basque) sovereignty political party founded in 1895 and representing a wide political spectrum from centre-right to centre-left»
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