Jaekel nacque a Nowa Sól, nella Slesia prussiana. Studiò geologia e paleontologia a Legnica. Dopo essersi diplomato nel 1883, si trasferì a Breslavia e studiò sotto Ferdinand Roemer fino al 1885. Karl von Zittel diede il dottorato di ricerca a Jaekel a Monaco nel 1886. Tra il 1887 e il 1889, Jaekel fu assistente di E.W. Benecke al Geologisch-Paläontologisches Institut a Strasburgo, e lavorò a Berlino e al Geologisch-Paläontologisches Museum a partire dal 1894. Jaekel si trasferì all'Università di Vienna nel 1903, ma la sua imminente cattedra fu bloccata dai geologi viennesi. Tra il 1906 e il 1928, Jaekel fu professore all'Università di Greifswald, dove fondò la Società Paleontologica tedesca nel 1912. Nel 1914 descrisse una seconda specie di Plateosaurus.
Dopo il suo ritiro a Greifswald, Otto Jaekel accettò una posizione all'Università di Sun Yat-sen a Guangzhou nel 1928. Morì dopo una breve e inaspettata malattia all'ospedale tedesco di Pechino.
Come paleontologo, Jaekel si specializzò nello studio dei vertebrati fossili, in particolare pesci e rettili. Tuttavia, 27 delle sue pubblicazioni riguardarono l'echinodermata. Inoltre, scrisse anche sulla politica, letteratura e arte. Era un abile pittore e usò le sue capacità per produrre dipinti di paesaggi che illustrano la geologia della costa della Pomerania.
Opere
Jaekel, Otto. 1896. “Über die Stammform der Wirbelthiere.” Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin 7 107–29.
Jaekel, Otto. 1899. Stammesgeschichte der Pelmatozoen: Thecoidea und Cystoidea. Berlin: Julius Springer.
Jaekel, Otto. 1903. “Besprechung des ersten Berichts des Geologischen Beratungs-Komitees für das Carnegie-Institut in Washington.” Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft 73–76.
Jaekel, Otto. 1904. “Eine neue Darstellung von Ichthyosaurus.” Zeitschrift der deutschen geologischen Gesellschaft 26–34.
Jaekel, Otto. 1904. “K.A. V. Zittel, Der Altmeister der Paläontologie.” Naturwissenschaftliche Wochenschrift 1–7.
Jaekel, Otto. 1905. “Die Bedeutung der Wirbelstacheln der Naosauriden.” Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft 57 192–95.
Jaekel, Otto. 1910. “Naosaurus Credneri im Rotliegenden von Sachsen.” Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft 62 526–35.
