Dopo aver studiato storia dell'arte e storia della letteratura a Vienna e a Graz, fu, tra il 1908 e il 1909 critico musicale per l'edizione viennese del settimanale die Zeit. Negli anni immediatamente successivi ricoprì la carica di assistente presso l'Istituto di Storia dell'Arte dell'università di Vienna.[3] Tra il 1926 e il 1935 fu curatore dell'archivio musicale di Anthony van Hoboken. Visse a Cambridge a partire dal 1939 a causa delle sue origini ebraiche, prendendo successivamente la cittadinanza inglese. Tornò a vivere in Austria nel 1952.
La sua opera più importante fu pubblicata in inglese nel 1951 col titolo Franz Schubert – Thematic Catalogue of all his works in chronological order:[2] si tratta del catalogo generale delle composizioni di Schubert, che da allora si indicano convenzionalmente col numero d'ordine del catalogo preceduto dalla lettera D di Deutsch.
David Wyn Jones, Deutsch, Otto Erich, in David Wyn Jones (a cura di), Oxford Composer Companions: Haydn, Oxford, Oxford University Press, 2009.
Otto Erich Deutsch in collaboration with Donald R. Wakeling. Schubert: Thematic Catalogue of all his Works in Chronological Order. London: Dent — New York: W. W. Norton, 1951.
Robert Winter. "Cataloguing Schubert" in 19th Century Music, November 1979
Eva Badura-Skoda and Peter Branscombe. Schubert Studies: Problems of Style and Chronology. Cambridge University Press, 1982.
Otto Erich Deutsch, edited by Werner Aderhold, Walther Dürr, Arnold Feil. Franz Schubert: Werkverzeichnis — Der Kleine Deutsch. Kassel: Bärenreiter, 1983. ISBN 3-7618-3261-3 – ISBN 3-423-03261-8. (concise edition)