Il primo insediamento da cui si è sviluppata Otjiwarongo fu una missione, fondata nel 1891 dai tedeschi col benestare del capo herero locale. L'interesse dei tedeschi per questo luogo aumentò quando venne realizzata la prima ferrovia a scartamento ridotto usata per portare i carichi d'oro dal triangolo d'oro verso il porto di Swakopmund. Di conseguenza, nel 1904 alla missione si aggiunse una guarnigione militare tedesca, e due anni dopo fu ufficialmente fondata la città.
Economia
Turismo
Otjiwarongo è una meta turistica di media importanza nella Namibia settentrionale; molti turisti pernottano qui per visitare il Waterberg Plateau, o per visitare le attrazioni locali. Fra quest si può citare il Crocodile Ranch, uno dei pochi allevamenti di coccodrilli del Nilo riconosciuto dal CITES. Un'altra visita spesso viene dedicata alla Locomotiva n. 41, un'antica locomotiva di produzione tedesca (ditta Henschel) che veniva usata per trasportare l'oro; fu dismessa nel 1960, quando venne modificato lo scartamento dei binari. Anche il Cheetah Conservation Fund di Okonjima può essere visitato a pagamento.
