Le guarnigioni erano subordinate a tre comandanti, i cosiddetti generali Jiliao, Xuanda e Shaanxi Sanbian. I nomi di questi generali derivavano dalle rispettive guarnigioni sotto il loro comando: il "generale Jiliao" controllava Liaodong, Jizhen, Changzhen e Zhenbao; il "generale Xuanda" controllava Xuanfu, Datong e Taiyuan; e il "generale Shaanxi Sanbian" controllava le guarnigioni Yansui, Ningxia, Guyuan e Gansu. Sotto il loro comando c'era una rete finemente realizzata di gradi militari inferiori. Gli alti ufficiali erano reclutati tra la nobiltà e l'alto rango militare, l'amministratore cittadino della rispettiva città di guarnigione era un civile.
Il comandante della guarnigione (zhenshou) era al di sopra di vari sotto-comandanti (fenshou) a cui riportavano i comandanti delle singole fortezze (shou bei). La catena di comando si estendeva dal capitano della truppa (Zongbing), il suo vice (Fu zongbing) e altri ranghi al singolo soldato. Un totale di circa 300.000 soldati e ufficiali furono schierati nelle guarnigioni.[2]
Gli edifici della guarnigione
I quartier generali nelle città di guarnigione fortificate, in quanto rango superiore della struttura difensiva, amministravano un sistema di sotto-unità (Lu) di dimensioni variabili a seconda della situazione. Consistevano in un sistema di fortezze di valico, castelli, torri di avvistamento e di segnalazione e altre strutture difensive: es. la guarnigione Ji era subordinata alla sub-unità Shanhailu che comprendeva le fortezze del passo di Shanhaiguan, Nanhaikouguan, Nanshuiguan e la sua torre di guardia, Hanmenguan, Beishuiguan e la sua torre di guardia, Jiaoshanguan, Sandaoguan e Sieryuguan.
Gli edifici e le strutture militari all'interno o sul muro erano costruiti in modo altrettanto chiaro come il sistema delle truppe. Di particolare importanza erano le fortezze di valico, in ragione della loro particolare posizione strategica. Erano costruiti su punti facilmente difendibili come cime di colline o montagne, scogliere, anse dei fiumi e dentro o vicino a burroni e valli strette. Alcune erano già in uso prima dei Ming e furono da loro implementate o, come nel caso degli Yanmenguan, trasferiti e ricostruiti. In caso di attacco o altra emergenza militare, qui soggiornavano i generali e comandanti militari d'alto rango.