I primi abitanti di cui abbiamo prove sicure sono datati al 1200, questi probabilmente erano pescatori. Il primo aprile del 1398, il Duca Alberto I di Baviera, dopo le richieste di alcuni abitanti, diede a Noordwijk i privilegi di città. Poco dopo li annullò dicendo che gli abitanti non avevano il diritto di fare queste richieste. Per conseguenza non vennero costruite alcune mura attorno al paese.
La municipalità di Noordwijk è costituita da due centri principali: Noordwijk-Binnen e Noordwijk aan Zee. Inoltre nel 2019 si è aggiunta l'ex municipalità di Noordwijkerhout.
Noordwijk-Binnen, letteralmente Noordwijk interno, è la parte più interna del comune, mentre Noordwijk aan Zee, letteralmente Noordwijk sul mare, è la suddivisione costiera.
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