Neil MacGregor è nato a Glasgow da due medici, Alexander e Anna MacGregor. Ha studiato alla Glasgow Academy e poi ha studiato lingue moderne al New College di Oxford, del quale è ora membro onorario. Successivamente studiò filosofia all'École normale supérieure di Parigi (in coincidenza con gli eventi del maggio 1968 ) e giurisprudenza all'Università di Edimburgo, dove ricevette il Greeen Prize.[4] Nonostante si sia iscritto all'albo degli avvocati nel 1972, MacGregor decise successivamente di laurearsi in storia dell'arte. L'anno successivo il direttore del CourtauldAnthony Blunt individuò MacGregor e lo convinse a accettare di svolgere un master sotto la sua supervisione.[5] Blunt in seguito considerò MacGregor "l'allievo più brillante a cui abbia mai insegnato".[6] Dal 1975 al 1981 MacGregor ha insegnato Storia dell'Arte e dell'Architettura all'Università di Reading. Ha poi lasciato l'incarico per assumere la direzione del Burlington Magazine.[7]