La AFFA nel 2005 aveva pianificato di creare la nazionale di calcio femminile per partecipare alle Qualificazioni al campionato mondiale femminile di calcio 2007. L'Azerbaigian femminile giocherà la sua prima partita il 18 novembre 2006 in una sconfitta per 4 a 1 contro la Romania. Questa sarà la prima partita a cui parteciperà per le Qualificazioni al campionato europeo femminile di calcio 2009 in cui chiuderà il girone penultima con una vittoria e due sconfitte. In seguito parteciperà alle Qualificazioni al campionato mondiale femminile di calcio 2011 dove sarà inserita insieme a Belgio, Repubblica Ceca, Svezia e Galles dove otterrà una vittoria, un pareggio e una sconfitta senza passare il turno. Dal 2011 non ha più giocato partite di qualificazioni o amichevoli.
