Il gruppo è stato fondato da Jens Rydén e Kristoffer Olivius, originariamento col nome di Uninterred. Il gruppo registra due demo, Stellae Trajectio e We are Naglfar - Fuck you! rispettivamente nel 1994 e 1995. Lo stesso anno nasce il primo album Vittra. Dopo un demo ("Maiden Slaughter") e un Ep (When Autumn Storms Come) viene pubblicato il secondo intitolato Diabolical che segue lo stile del suo predecessore. Dopo quattro anni di pausa nel 2002 viene pubblicato l'Ep Ex Inferis e l'anno successivo tocca al nuovo album Sheol, in cui comincia a sentirsi l'influenza death metal. Nel 2005 esce Pariah. Due anni più tardi i Naglfar ritornano con Harvest.
