Nato nei Paesi Bassi, nel 1967 la sua famiglia si trasferì in Australia, dove restò fino al 1992, quando si trasferì in Scozia; qui ha vissuto in una stazione ferroviaria vittoriana con la moglie Eva, sua editor "non ufficiale", fino alla morte di lei per una rara forma di cancro alle ossa, nel luglio 2014.
Faber ha debuttato letterariamente con una raccolta di racconti, vincitori di numerosi premi, intitolata Some Rain Must Fall, pubblicata nel 1999. Il suo primo romanzo, Sotto la pelle (2000) è stato un successo internazionale. Nel 2002, dopo una gestazione durata 21 anni, è uscito Il petalo cremisi e il bianco, la storia postmoderna e dickensiana di una prostituta nella Londra vittoriana. Il libro è diventato un bestseller internazionale. I suoi libri sono pubblicati in Italia da Bompiani ed Einaudi.
Nel 2014 esce il fantascientifico Il libro delle cose nuove e strane (The Book of Strange New Things), e, contestualmente, l'autore annuncia che questo sarà probabilmente il suo ultimo romanzo, ma continuerà a scrivere non-fiction e poesie «sul dolore e sulla perdita».[1]
