Mayorga giunse a Città del Messico il 23 agosto 1779, assumendo ufficialmente l'incarico. Subito furono preparate le difese per la guerra che Francia e Spagna, in alleanza con le Tredici colonie americane ribelli, avevano da poco dichiarato alla Gran Bretagna. Fu pesantemente rinforzata L'Avana, prese nuove contromisure a Veracruz, ed inviata una spedizione guidata da Bernardo de Gálvez in Florida per aiutare i coloni americani nella loro rivoluzione contro la madre patria. I britannici furono combattuti anche in Belize.
Nel 1779 scoppiò un'epidemia di vaiolo che si allargò a molte città della colonia. Il viceré Mayorga spese notevoli somme per aiutare i malati e per seppellire i morti. Offrì le proprie dimissioni (primo dopo molto tempo), ma non furono accettate.
Nel gennaio 1780 la comunità indigena di Izúcar iniziò un ribellione a causa dei maltrattamenti subiti. I capitani José Antonio de Urízar e Tomás Pontón furono incaricati di sedarla. Molti dei ribelli catturati furono mandati a L'Avana per diventare marinai della flotta.
Mayorga fece molto per migliorare la capitale, lastricando molte strade con pietre e pulendo corsi d'acqua ed acquedotti per evitare altre epidemie.
Nel 1780 ordinò al governatore di Puebla di raccogliere documenti relativi alla storia della Nuova Spagna, a partire dall'Historia Antigua de la Nueva España di padre Mariano Veytia e dalle carte di Lorenzo Boturini Bernaducci. Questo progetto salvò probabilmente molti documenti che sarebbero altrimenti andati perduti.
Nel l783 il viceré dede di nuovo le dimissioni, stavolta accettate. Lasciò il governo della colonia al successore Matías de Gálvez il 28 aprile 1783, e partì per la Spagna. Morì poco prima, o poco dopo, di raggiungere il porto di Cadice. Secondo alcuni sarebbe stato avvelenato dal successore. I due non erano in buoni rapporti, e Gálvez non avrebbe mai perdonato a Mayorga di aver occupato il suo posto. Queste accuse, però, non furono mai provate.
Bibliografia
Manuel García Puron, México y sus gobernantes, v. 1, Città del Messico, Joaquín Porrua, 1984
Fernando Orozco Linares, Fechas Históricas de México, Città del Messico, Panorama Editorial, 1988, ISBN 968-38-0046-7
Fernando Orozco Linares, Gobernantes de México, Città del Messico, Panorama Editorial, 1985, ISBN 968-38-0260-5