Rieletto con Forza Italia per la seconda volta nel 2004 nella medesima circoscrizione con 86.769 preferenze, è stato uno dei 14 vicepresidenti vicari del Parlamento europeo nella legislatura 2004-2009. Nel 2006 si è espresso negativamente a proposito di una risoluzione parlamentare europea contro l'omofobia, sostenendo che l'UE non fosse competente a legiferare in materia[4].
Dal 2009 al 2011 Mauro è stato rappresentante personale della presidenza dell'OSCE contro razzismo, xenofobia e discriminazione, con particolare riferimento all'intolleranza e alla discriminazione dei cristiani e dei membri di altre religioni
[6].
È stato sostituito da Massimo Introvigne[7].
A novembre 2013 lascia Scelta Civica, e il 23 dello stesso mese presenta il nuovo progetto politico Popolari per l'Italia[11], lanciato ufficialmente il 28 gennaio 2014[12][13].
Il 10 dicembre 2013 aderisce al gruppo parlamentare Per l'Italia[14]. Termina l'incarico ministeriale il 22 febbraio 2014.
Il 18 marzo 2014 rende noto che Popolari per l'Italia e UdC parteciperanno alle elezioni europee con un simbolo comune[15], ma dopo poche settimane l'UdC decide invece di presentarsi insieme al Nuovo Centrodestra.[16]
Il 10 giugno 2014 viene sostituito in Commissione Affari Costituzionali del Senato dal suo gruppo Per l'Italia a favore del capogruppo al Senato Lucio Romano. Secondo Mauro, si tratterebbe di una "epurazione renziana" e di "purghe staliniane", a causa del suo voto favorevole in Commissione sull'ordine del giorno di Roberto Calderoli al ddl di riforma del Senato del Ministro delle riforme Maria Elena Boschi che prevedeva, contrariamente al testo del governo, l'eleggibilità diretta dei senatori.[17][18]
Il 3 giugno 2015 annuncia l'uscita dalla maggioranza del suo partito.[19][20]
Il 9 giugno per suo voto contrario in commissione Affari Costituzionali non passa la riforma della scuola promossa dal governo.[21]
Difendiamo il futuro: Interventi per la libertà della scuola, Biblioteca Universale Rizzoli, Collana "I Libri dello Spirito Cristiano" diretta da don Luigi Giussani, 1999
L'Europa sarà cristiana o non sarà, Edizioni Spirali, 2004
¿Qué cultura? - V Congreso de cristianos y vida pública - 2004
Compagni di Scuola: genitori, insegnanti, studenti e sindacati per le generazioni del futuro, Edizioni Ares, 2004
Llamados a la libertad - VII Congreso de cristianos y vida pública, 2006
L'Europa al centro del problema - "Atlantide: migrazioni e società multiculturale", 2007
Il Dio dell'Europa, Edizioni Ares, 2007
Piccolo dizionario delle radici cristiane d'Europa (coautore con Elisabetta Chiappa), Edizioni Ares, 2007
Guerra ai cristiani. Le persecuzioni e le discriminazioni dei cristiani nel mondo (Coautori: Vittoria Venezia, Matteo Forte), Lindau, 2010
^ Franco Serra, Diritti umani, Mauro delegato dell'OSCE (PDF), in Avvenire, 16 gennaio 2009, p. 16. URL consultato il 19 aprile 2016 (archiviato dall'url originale il 23 aprile 2016).