Morínigo partecipò nel 1887 alla fondazione dell'ANR-Partido Colorado e nel 1890 fu eletto vicepresidente insieme al presidente González.
Il 9 giugno 1894, dopo il golpe del generale Juan Bautista Egusquiza e la destituzione di González, Morínigo assunse la presidenza della Repubblica fino al termine legale della legislatura (25 novembre 1894).