Luigi Pernier (Roma, 23 novembre 1874 – Rodi, 18 agosto 1937) è stato un archeologo e funzionario italiano.
Di famiglia agiata (il padre Giuseppe era un ricco proprietario terriero di origine francese; la madre, Agnese Romanini, apparteneva a una famiglia aristocratica), frequentò il Liceo classico Ennio Quirino Visconti e, nel 1897, si laureò in Lettere all'Università di Roma avendo come relatore Rodolfo Lanciani. Si specializzò alla Scuola di Archeologia di Roma, conseguendo il diploma nel 1901, dopo aver trascorso dei periodi di formazione a Creta presso la Missione Archeologica Italiana diretta da Federico Halbherr.
Tra il 1902 e il 1916 fu ispettore presso i Musei, Gallerie e Scavi di Antichità di Firenze ed effettuò ricerche in numerose località dell'Italia centrale; contemporaneamente entrò a far parte della Missione italiana a Creta, dirigendone i lavori, fra il 1906 e il 1909, in sostituzione di Federico Halbherr trattenuto in Italia. Fu in questa occasione che Pernier contribuì alla scoperta del disco di Festo. Nel 1909 Pernier fu il primo direttore della appena istituita Scuola archeologica italiana di Atene dove, tra gli altri, ebbe come allievo Gian Giacomo Porro.[1] Nel frattempo (1904) aveva sposato Tonina Falchi, figlia di Isidoro Falchi, lo scopritore di Vetulonia.
Nel 1914 ottenne la direzione del Museo Archeologico di Firenze, per cui rinunciò alla direzione della Scuola di Atene. Nel 1916 ottenne anche la nomina a Soprintendente degli Scavi e dei Musei Archeologici d'Etruria; resse questi incarichi fino al 1922, quando divenne professore universitario di Archeologia e Storia dell'arte antica a Firenze. Pernier riprese allora le ricerche archeologiche all'estero con permanenza, soprattutto nel periodo estivo, a Creta o a Cirene. A Creta soggiornò negli anni 1928-29, completando lo scavo dei materiali del Palazzo di Festo per poi divenire, alla morte di Federico Halbherr (1930), direttore della Missione Archeologica Italiana; a Cirene, dal 1925 al 1936, Pernier fece dieci campagne di scavo come componente della Missione Archeologica Italiana, e diresse con Carlo Anti i lavori di scavo del Santuario di Apollo.
Questi incarichi lo costrinsero a muoversi spesso tanto che anche la morte lo colse in trasferta, sull'isola di Rodi, dove si era recato per tenere un corso organizzato dalla Società Dante Alighieri.
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