Botha era originario di una famiglia tedesca della Turingia, nono di tredici fratelli. Divenuto membro del parlamento del Transvaal nel 1897 e rappresentante il distretto di Vryheid, fu nominato due anni dopo generale nella Seconda guerra boera, combattendo efficacemente a Colenso e a Spioenkop. Alla morte di P. J. Joubert, venne eletto comandante generale dei Boeri del Transvaal, dimostrando la sua abilità a Belfast-Dalmanutha.
Dopo la caduta di Pretoria, condusse una intensa campagna di guerriglia contro l'esercito britannico insieme con Koos de la Rey e Christiaan de Wet. A guerra conclusa, Botha rappresentò i Boeri ai negoziati con gli inglesi per la pace nel 1902. Il ricordo della sua partecipazione alla guerra lo rese influente nella politica del Transvaal e fu uno dei maggiori protagonisti nella ricostruzione di questo paese: nel 1904, insieme a Jan Smuts, aveva fondato il partito Het Volk e diventò Primo Ministro del Transvaal il 4 marzo 1907
