La Liga de Fútbol Profesional Boliviano 1999 è stata la 23ª edizione della massima serie calcistica della Bolivia, ed è stata vinta dal Blooming.
Il campionato è strutturato in due fasi; il Torneo di Apertura è un girone unico a dodici squadre, mentre il Torneo di Clausura prevede due gironi da sei squadre che permette l'accesso alle prime tre classificate di ogni gruppo a un esagonale finale, che laurea il campione del torneo. Al termine di queste fasi i due campioni si affrontano nella finale, che determina il campione nazionale.
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