Specializzato nella farfalla, ha vinto la sua prima medaglia a livello internazionale ai Campionati Europei giovanili di Anversa. Nell'occasione l'allora diciottenne Konrad si laureò campione continentale nei 50 farfalla. Dopo il bronzo nei 100 agli Europei assoluti di Budapest, nel 2010, Czerniak ottenne la sua consacrazione a Stettino, in occasione degli Europei in vasca corta del dicembre 2011, dove il polacco vinse i 50 stile libero e i 100 farfalla e si classificò terzo nei 50 farfalla. Nel luglio successivo, durante i Campionati mondiali di nuoto, Czerniak divenne vicecampione del mondo dei 100 farfalla, chiudendo alle spalle dello statunitense Michael Phelps. Due anni dopo, a Barcellona, Czerniak conquistò nuovamente il podio nei 100 farfalla, chiudendo stavolta al terzo posto.
