Le opere più importanti attribuite a Borgoña sono le decorazioni del chiostro, con una Visitazione (1494-1499), oltreché della sala Capitolare e della sagrestia (1509-1511) della cattedrale di Toledo, con Episodi della vita della Vergine, una Ultima Cena, il Giudizio Universale, e settantadue ritratti di arcivescovi di Toledo presenti nella zoccolatura[5]; i dipinti nell'aula magna dell'università di Alcalá de Henares; il polittico (1508) per l'altar maggiore della cattedrale di Ávila, con una Resurrezione, un Calvario e una Epifania; la Caduta di Orano (1514) per la cappella mozaraba caratterizzata da elementi naturalistici che introducono la preminente figura provvidenziale e messianica dell'arcivescovo Cisneros; il polittico per il convento di Sant'Orsola a Salamanca; i dipinti della pala d'altare (1518) della chiesa di San Giovanni Battista a Camarena, quelli per il convento di Santo Domingo a Madrid e quelli (1518-1523) per la chiesa di Villa del Prado (Madrid).[2][3]
La sua ultima opera conosciuta è la pala d'altare della chiesa di Pastrana, con una Deposizione conservata nel Museo Parrocchiale.[6]
Borgoña lavorò anche a Madrid, a Cuenca, a Guadalajara e la sua bottega di Toledo fu ancora attiva fino al 1584, grazie all'impegno del figlio Giovanni, che seguì le orme del padre.[1]
Nelle opere di Borgoña si evidenziò l'influenza del Ghirladaio, di Piero della Francesca e del Signorelli soprattutto per gli elementi naturalistici, mentre l'arte fiamminga si notò per la drammaticità di alcuni temi religiosi.[1]
La pittura ad affresco di Borgoña si caratterizzò per l'eleganza e la piacevolezza compositiva, per la brillantezza delle luci e del colore, per l'architettura prospettica e la padronanza della prospettiva lineare, per il volume e la monumentalità delle figure.[2][6][7]
^abcle muse, VI, Novara, De Agostini, 1964, p. 210.
^ab(ES) Mateo Gómez, Juan de Borgoña, Madrid, Fundación de Apoyo a la Historia del Arte Hispánico, 2004.
^Borgoña, Juan de- (nel sito Sapere.it), su saperelb-538884594.eu-west-1.elb.amazonaws.com. URL consultato il 30 ottobre 2017 (archiviato dall'url originale il 7 novembre 2017).
^Juan de Borgoña, in Treccani.it – Enciclopedie on line, Roma, Istituto dell'Enciclopedia Italiana. URL consultato il 30 ottobre 2017.