È stato descritto come «una parte integrante della storia della fantascienza»[2] e «forse il più importante lettore-critico di fantascienza dei nostri tempi e uno dei migliori che il genere abbia mai conosciuto».[3]
Clute è anche autore delle raccolte di recensioni e saggi Strokes, Look at the Evidence: Essays and Reviews, Scores, Canary Fever e Pardon This Intrusion.
Il suo romanzo del 2001 Appleseed, una space opera ritenuta degna di nota per la creatività e lo stile,[4] è stato inserito dal New York Times tra i "Libri notevoli del 2002".[5]
Nel 2006, Clute ha pubblicato la raccolta di saggi The Darkening Garden: A Short Lexicon of Horror.
La terza edizione dell'Encyclopedia of Science Fiction (con David Langford e Peter Nicholls) è stato pubblicata online, in versione beta, nell'ottobre 2011, e da allora è stata notevolmente ampliata; nel 2012 ha vinto il Premio Hugo per la miglior opera correlata. La pagina delle statistiche della Encyclopedia riporta che, al 24 marzo 2017, Clute era autore della grande maggioranza degli articoli: 6.421 da solo e 1.219 in collaborazione, per un totale di oltre 2.408.000 parole, più del doppio del secondo collaboratore più prolifico, David Langford.[6]
(EN) Matthew Davis, John Clute: Yakfests of the Empyrean, su Strange Horizons, 18 settembre 2006. URL consultato il 26 dicembre 2020 (archiviato dall'url originale il 21 novembre 2008).