Dopo aver completato la carriera universitaria a Basilea, dove conobbe il famoso tipografo Johann Amerbach, Froben impiantò un'officina tipografica nella città verso il 1491.
Nel 1500 sposò la figlia del libraio Wolfgang Lachner, con il quale divenne socio.
Nel 1516 Froben stampò la prima edizione del Nuovo Testamentogreco di Erasmo, uscita poco prima della versione greca del Nuovo Testamento preparata in Spagna come parte del progetto della Bibbia Poliglotta Complutense, voluta e finanziata dall'arcivescovo di ToledoFrancisco Jiménez de Cisneros. Anche se la versione di Erasmo, preparata frettolosamente, abbondava di errori tipografici, divenne ben presto un successo commerciale e fu ripubblicata corretta nel 1519.
Nonostante avesse intenzione di stampare le edizioni dei filosofi greci, Froben non visse abbastanza per portare a termine il progetto, che fu realizzato dal figlio Hieronymus Froben.