Il più antico capostipite conosciuto della famiglia paterna è il calderaio di Aarau Caspar Pfaff: suo figlio Wilhelm Pfaff fu amministratore di corte a Urach, suo nipote Johann Pfaff fu sovrintendente a Urach e abate a Königsbronn durante la guerra dei trent'anni, il suo pronipote Johann Wilhelm Pfaff (1612 ca.-1662) fu parroco dal 1649 a Pfullingen e successivamente sovrintendente a Göppingen; dal matrimonio di questi con Anna Katharina Eislinger (1629-1703) nacque Johann Christoph Pfaff [1].
Nel 1697 fu nominato professore di filosofia all'Università di Tubinga e, nel 1699, conseguì il dottorato in teologia, il che gli permise di entrare nella Facoltà di teologia da professore associato[2].