Nato a New York, in una famiglia di sceneggiatori televisivi da generazioni: Jed è nipote di John Whedon e figlio di Tom Whedon e dell'insegnante di storia Lee Stearns. Ha tre fratelli maggiori, Samuel, Matthew e Joss; ed uno minore, Zack.
Nel 2009 compone, assieme a Felicia Day, la canzone "(Do You Wanna Date My) Avatar" per la webserieThe Guild e ne dirige il videoclip[4]. L'anno successivo, sempre assieme a Felicia Day e a Maurissa Tancharoen, fonda una nuova band, Jed Whedon and the Willing, e pubblica l'albumHistory of Forgotten Things.
Diviene uno degli sceneggiatori principali della serie Dollhouse, prodotta dalla Fox e creata dal fratello Joss, fino alla cancellazione della stessa. In seguito lui e Maurissa si aggregano alla troupe di Spartacus, serie creata dall'ex-membro di Mutant EnemySteven S. DeKnight.
Dopo aver collaborato nuovamente col fratello alla sceneggiatura di The Avengers[5], diviene co-creatore, assieme a lui ed alla moglie, della serie televisiva Agents of S.H.I.E.L.D.[6].