Professionista dal 1978 al 1988, conta una vittoria di tappa al Giro d'Italia. Dal 2000 è direttore generale del team TotalEnergies (noto in precedenza con altre denominazioni).
Nel 1980 Bernaudeau debutta al Giro d'Italia, trionfando nella terz'ultima frazione, quella con passaggio sul Passo dello Stelvio e arrivo a Sondrio. Nell'occasione la tattica della Renault viene premiata: Hinault manda in fuga Bernaudeau, stacca tutti i rivali sulla salita dello Stelvio, raggiunge il suo "luogotenente" dopo 3 chilometri di discesa e gli concede la vittoria di tappa, andando lui stesso a vestire la maglia rosa (che porterà fino a Milano).[1] Bernaudeau viene da una tragedia: poche settimane prima suo fratello minore è annegato nel lago di Saint-Maurice.[1] Una settimana dopo la fine del Giro si aggiudica quindi la prima di quattro edizioni consecutive del Grand Prix du Midi Libre, mentre al Tour de France si ritira.
Per la stagione 1981 si accasa alla Peugeot-Esso-Michelin, diventandone il capitano. Al Tour de France chiude sesto nella generale e terzo nella classifica scalatori; non si aggiudica tappe, ma è secondo nella frazione con arrivo a Le Pleynet vinta da Hinault. L'anno dopo chiude il Tour in tredicesima piazza, secondo nella classifica scalatori.
Nel 1991 Bernaudeau avvia una struttura di formazione per i giovani ciclisti della Vandea, la Vendée U. Nel 2000, al fine di gestire una nuova squadra professionistica e continuare l'attività giovanile con la Vendée U, fonda, insieme a Philippe Raimbaud, la società Vendée Cyclisme SA. Raimbaud assume la carica di presidente e manager, mentre Bernaudeau quella di direttore sportivo del team pro, la Bonjour-Toupargel, sponsorizzato dal Groupe Hersant Média, proprietario della Comareg, fornitrice di quotidiani gratuiti, e dalla catena di prodotti surgelati Toupargel, per un budget totale di 10 milioni di franchi.[2] Per comporre l'organico vengono messi sotto contratto ciclisti come Jean-Cyril Robin, Didier Rous e François Simon, mentre nove sono i neoprofessionisti.
Nell'aprile 2004 Raimbaud lascia e la guida della Vendée Cyclisme passa a Bernaudeau, dal 2003 già manager del team professionistico. Intanto si susseguono diversi sponsor: dal 2003 al 2004 Brioches la Boulangère, ditta di prodotti da forno e di pasticceria, dal 2005 Bouygues Télécom al 2010, compagnia telefonica; è del 2005 l'ingresso nel neonato circuito UCI ProTour, la nuova "Serie A" del ciclismo. Sin dal 2003 la squadra è inoltre sostenuta dal consiglio generale del dipartimento della Vandea. Dal 2011 al 2015 primo sponsor è Europcar, dal 2016 la compagnia di energia Direct Énergie, acquisita da Total nel 2018.
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