Dopo la proclamazione di Indipendenza della Polonia, sancita nel 1919 dal Trattato di Versailles, Jankowski decise di proseguire la propria l'attività in politica. Nel 1920 fu tra i co-fondatori del Narodowa Partia Robotnicza (Partito Nazionale dei Lavoratori) (NPR), che diresse fino al 1923 e di cui rimase vicepresidente fino al 1933. In qualità di politico più importante della NPR, tra il 1921 e il colpo di stato di maggio del 1926 fu ministro del lavoro e delle politiche sociali nel governo della Polonia. Nel 1928 venne eletto membro del Sejm, seggio che mantenne fino al 1935. Nel 1937 si unì al Partito laburista polacco divenendone uno dei leader.
Dopo la guerra difensiva polacca del 1939 rimase in Polonia contribuendo alla ricostruzione del suo partito in condizioni di clandestinità. Dopo la creazione delle fondamento dello Stato segreto polacco, nel 1941 Jankowski divenne direttore del lavoro e dell'assistenza sociale (un ministro de facto ) dell'ufficio del delegato del governo in patria. Dopo l'arresto di Jan Piekałkiewicz da parte della Gestapo nel febbraio 1943, Jankowski lo sostituì come delegato del governo in patria, sotto il grado formale di vice primo ministro della Polonia. Il 31 luglio 1944 approvò la decisione di dare l'avvio all'insurrezione di Varsavia. Durante i combattimenti a Varsavia rimase vicino al quartier generale dell'Armia Krajowa, ma perse ogni contatto con la maggior parte delle cellule dell'Ufficio del Delegato del Governo presenti in altre parti della Polonia. Dopo la capitolazione di Varsavia ai tedeschi, lasciò la città insieme ai civili e riuscì a nascondersi in campagna, da dove continuò le sue funzioni.
Nel marzo 1945 fu arrestato dall'NKVD e portato a Mosca, dove fu processato insieme ad altri 15 rappresentanti delle autorità polacche. Dopo tre mesi di brutali interrogatori e torture, gli furono presentate false accuse di collaborazione con la Germania nazista, sabotaggio, terrorismo, pianificazione di un'alleanza militare con la Germania nazista, possesso di un trasmettitore radio e molte altre accuse inventate. Fu condannato a otto anni in una prigione sovietica e lì morì, probabilmente assassinato il 13 marzo 1953, due settimane prima della fine della pena. Il suo corpo fu probabilmente sepolto nella prigione di Vladimir su Klyazma, anche se il luogo della sua morte, così come il luogo della sua sepoltura, rimangono secretati.