Studiò dal 1852 al 1858 alla Scuola di Belle Arti di Cracovia e, durante questo periodo, iniziò a presentare i suoi dipinti storici nell'ambito della Società degli Amici delle Belle Arti. Dopo aver poi studiato a Monaco (1859) alla scuola del pittore storico Hermann Anschütz (1802-1880) e quindi a Vienna, ma più brevemente e con meno successo, Matejko tornò a Cracovia, dove continuò a lavorare per il resto della sua vita.
Sposò Teodora Giebułtowska il 21 novembre 1864, dalla loro unione nacquero cinque figli: Tadeusz, Helena, Beata, Jerzy e Regina.La moglie sarà più volte ritratta dall'artista[1]. Dal 1872 al 1892 fu nominato direttore della Scuola di Belle Arti, che rischiava la chiusura, riuscendo a mantenerla aperta e rifiutandone l'acquisizione da parte dell'Accademia di Belle Arti di Praga. L'istituto nel 1979 prese il suo nome[2][3].
Nel 1860 Matejko pubblicò un album illustrato: Ubiory W Polsce ("Costumi in Polonia tra il 1200 e il 1795"; le edizioni successive furono del 1875 e del 1901), un progetto che rifletteva il suo estremo interesse per le rievocazioni storiche e il suo desiderio di suscitare lo stesso interesse e patriottismo nel popolo polacco.
Questo ruolo di "scuotitore delle coscienze patriottiche" venne più fortemente associato a Matejko con la produzione dei dipinti raffiguranti Stańczyk (1862 - esposto al Museo Nazionale di Varsavia), il giullare di corte del re Sigismondo I (XV e XVI secolo), al quale Matejko conferì le proprie sembianze.
Il giullare è mostrato come simbolo della coscienza nazionale: siede tristemente su una sedia discosto dagli altri personaggi, l'unico a presagire che gli eventi durante le guerre contro Mosca avrebbero alla fine portato alla tragedia.
Nel numero 89 della rivista "Computer Grafica - Tecnica e Applicazioni" edito da ImagoEdizioni è stato ricostruito in 3d il dipinto La battaglia di Grunwald.
^ Anna Szczepanska-Krason, L'Accademia di Belle Arti "Jan Matejko" di Cracovia. 180 anni di tradizione, Akademia Sztuk Pieknych im. Jana Matejki w Krakow, 1999, ISBN83-87651-06-0.