Nel 1599, l'inimicizia nei suoi confronti del nuovo principe, il cardinaleAndrea Báthory, che aveva fatto confiscare i suoi beni, indusse Bocskai a cercare la protezione della corte imperiale. Comunque, il tentativo dell'imperatoreRodolfo II di privare della propria costituzione il regno d'Ungheria e i protestanti delle loro libertà religiose, alienò velocemente István Bocskai, specialmente dopo i terribili oltraggi inflitti agli abitanti della Transilvania dai generali asburgici Giorgio Basta e Giacomo Belgiojoso dal 1602 al 1604.
L'indipendenza del Principato di Transilvania
Nel tentativo di conservare l'indipendenza della Transilvania, Bocskai decise di servire i turchi. Nel 1605, come ricompensa per aver scacciato Giorgio Basta dalla Transilvania, la Dieta ungherese, riunitasi a Mediaș, elesse István Bocskai Principe di Transilvania.
Il sultanoAhmed I inviò come risposta a ciò un inviato speciale che omaggiasse Bocskai, e gli portò in dono una corona realizzata in Persia.
Con l'intenzione di sottrarre le province ungheresi al dominio asburgico, firmò la Pace di Vienna (23 giugno 1606), la quale garantiva tutti i diritti costituzionali e religiosi degli ungheresi sia in Transilvania che nel regno ungherese. Bocskai fu riconosciuto come Principe di Transilvania dalla corte austriaca, così come fu riconosciuto al Principato di Transilvania di eleggere autonomamente, da quel momento in poi, i propri principi.
La fortezza di Tokaj e le contee di Bereg, Szatmár e Ugocsa passarono tutte sotto il possesso di István Bocskai a patto che, qualora egli fosse morto senza eredi, esse sarebbero tornate all'Austria.
Analogamente, Bocskai concluse con gli ottomani la Pace di Zsitvatorok, la quale confermava la Pace di Vienna.
Il Principe morì a Košice pochi mesi dopo la firma di tali trattati (29 dicembre 1606), stando a quanto si dice avvelenato dal proprio cancelliere, Mihály Káthay, che fu poi fatto a pezzi dai sostenitori di Bocskai nella piazza del mercato della città.
Riconoscimenti
István Bocskai è oggi considerato un eroe nazionale ungherese. Una statua del Principe di Transilvania è stata infatti posta nel colonnato della Piazza degli Eroi di Budapest.
