Nel 2002, Iliopoulos è stato il primo a ricevere il premio Aristeio, istituito per premiare i greci che hanno dato contributi significativi nel loro campo scientifico. Iliopoulos e Maiani hanno ricevuto congiuntamente nel 1987 il premio istituito alla memoria del fisico J. J. Sakurai dall'American Physical Society, per la ricerca nel campo della fisica teorica delle particelle elementari. Nel 2007 Iliopoulos e Maiani sono stati insigniti della prestigiosa Medaglia Dirac dall'International Centre for Theoretical Physics (I.C.T.P.) di Trieste "per il loro lavoro sul quark charm e per il notevole contributo dato alla nascita del Modello Standard, la moderna teoria delle particelle elementari".