Ignaz discende da una attiva famiglia di artigiani di Altmannstein, era figlio di Johann Georg (1704-1783) e nipote di Johann Leonhard (1673-1738). Apprese i primi insegnamenti del mestiere nella falegnameria di famiglia.
Fra il 1743 e il 1750 fu allievo di Johann Baptist Straub nella bottega di Monaco di Baviera e prosegue il suo apprendistato a Salisburgo (1750), dallo scultore Paul Egell a Mannheim (1751-1752) e a Olomouc in Moravia (1752). Da maggio a novembre del 1753, frequentò un corso di scultura presso l'Accademia di Vienna, dove ha ottenuto il "Primo Premio di scultura".
Nel 1754 venne nominato dal Principe elettoreMassimiliano III di Baviera "hofbefreiter" che lo iscrisse anche come libero membro della Gilda degli scultori, e aprì così una sua bottega a Monaco di Baviera.
Nel 1757 sposa Maria Magdalena Hollmayr, figlia di un ricco commerciante d'argento di Huglfing, che gli darà 9 figli.
Ignaz Günther lavorò principalmente per committenti ecclesiastici. I suoi arredi sacri, altari, e in particolare le sue figure, drappeggiate, espressive, longilinee e vibranti rappresentano il culmine della scultura rococò.
Spesso le sue opere sono ricoperte con stucco e poi dorate o dipinte, si distingue una certa finezza nelle statue di San Pier Damiano nell'Abbazia di Rott am Inn (1760-1762), di Sant'Elena all'Abbazia di Neustift a Frisinga, o nel gruppo dell'Angelo Custode alla Bürgersaalkirche di Monaco. Nella sua opera si avverte anche un'influenza del classicismo a partire dal 1766.
Muore a Monaco nel 1775 e è sepolto nell'Abbazia di Rott am Inn.
Nel 1997 gli viene dedicato un museo sul Markt della sua città natale di Altmannstein.