Ambientato due mesi dopo gli eventi del film d'animazione Tartarughe Ninja - Caos mutante, la serie segue le Tartarughe Ninja mentre affrontano le loro doppie vite come adolescenti ed eroi alla città di New York. Nel primo arco narrativo, le Tartarughe vengono separate mentre affrontano Josefina Bishop, una spietata e brillante inventrice che progetta di eliminare tutti i mutanti. Devono affrontare l'essere soli per la prima volta e riunirsi per salvare la specie mutante. Nel secondo arco narrativo, le Tartarughe si scontrano con un pericoloso gruppo di feroci mutanti acquatici noti come gli East River Three.
