Nella sua teologia Witsius cerca di riconciliare l'ortodossia calvinista dominante con la teologia federale, conosciuta anche come "federalismo". Witsius è prima di tutto un teologo biblico, essendo specializzato in teologia sistematica.
La sua opera principale è "L'economia dei patti fra Dio e l'uomo" (pubblicata originalmente in latino; "De economia foederum Dei cum hominibus", Leeuwarden, 1677). Era stato indotto a pubblicare quest'opera afflitto dalla controversia fra i seguaci di Gisberto Voezio e quelli di Johannes Cocceius. Sebbene fosse egli stesso sostenitore della teologia federale, non era acritico del sistema dogmatico della sua chiesa, fondamentalmente scolastico. Alla fine non riesce a soddisfare né l'una né l'altra scuola.
Oltre alla sua opera principale, pubblica:
Judaeus christianizans circa principia fidei et SS. Trinitatem (Utrecht, 1661)
Diatribe de septem epistolarum apocalypticarum sensu historico et prophetico (Franeker, 1678)
Exercitationes sacrae in symbolum quod apostolorum dicitur et in orationem Dominicam (Franeker, 1681)
