Dijkstal è nato a Port Said, in Egitto, dove suo padre e suo nonno lavoravano per le spedizioni. Sapeva parlare l'arabo in modo fluente prima di trasferirsi nei Paesi Bassi all'età di cinque anni.
Nel 1982 è stato eletto per la prima volta alla Tweede Kamer. È stato rieletto nella camera bassa degli Stati generali nelle elezioni del 1986, 1989, 1994, 1998 e 2002. Dall'agosto 1994 all'agosto 1998 è stato vice primo ministro e ministro dell'interno nel primo governo di Wim Kok. Nel luglio 1998 è diventato il nuovo leader del VVD e capogruppo parlamentare di questa formazione. Nel maggio 2002, dopo un debole risultato alle elezioni parlamentari, si è dimesso dalle sue funzioni e pochi mesi dopo ha rinunciato al suo mandato parlamentare.
Successivamente è stato attivo in varie organizzazioni sociali, nominato nei consigli di sorveglianza e negli organi consultivi. È morto nel 2010 a causa del cancro.
Famiglia
Il 29 luglio 1966 sposò Anneke Dijkstal e divenne padre di due figlie e un figlio.