Tra il 1940 e il 1960, insieme a Pallottino, riportò alla luce edifici pubblici, termali e quartieri di epoca romana a Porto Torres, dove condusse anche gli scavi della basilica di San Gavino, importante edificio paleocristiano. Tra gli altri, si ricordano gli scavi di tombe etrusche condotti nel territorio di Chiusi.
Nel 1958 fondò a Sassari la Soprintendenza archeologica per le province di Sassari e Nuoro, di cui fu il primo direttore. Dal 1966 al 1980 fu direttore della Soprintendenza alle antichità dell'Etruria. Fu anche presidente dell'Istituto nazionale di studi etruschi ed italici e presidente dell'Accademia etrusca di Cortona.
Pubblicazioni
Fibbie barbariche da Tissi e da Siligo, Studi sardi XVI, 1958-59
Siligo (Sassari). Resti di edificio romano e tombe di epoca tardo imperiale intorno a S. Maria di Mesomundu, Notizie degli Scavi di Antichità, 1965
Mario Moretti, Guglielmo Maetzke, The Art of the Etruscans, publication Harry N. Abrams, Inc, New York, 1970. ISBN 080140021XISBN 9780801400216
Scavi e scoperte nel campo dell'archeologia cristiana negli ultimi dieci anni, in Toscana ed in Sardegna, Atti del II congresso nazionale di archeologia cristiana, Matera 25-31 maggio 1969, Roma, 1971
Monte Agellu. Le origini della basilica di San Gavino di Porto Torres secondo le testimonianze archeologiche, Sassari 1989
Castelsecco (Arezzo), Una esegesi sulla scena del teatro etrusco-italico, in Incontro di studio in memoria di Massimo Pallottino, Pisa 1999
Guglielmo Maetzke, Istituto nazionale di studi etruschi ed italici, Luisa Tamagno Perna, La Coroplastica Templare Etrusca Fra Il IV E Il II Secolo A.C.: Atti Del XVI, Convegno Di Studi Etruschi e Italici, Orbetello, 25-29 aprile 1988, edizioni L.S. Olschki, 1992 ISBN 9788822239044
Patrizia Gastaldi, Guglielmo Maetzke, La Presenza etrusca nella Campania meridionale : atti delle giornate di studio, Salerno-Pontecagnano, 16-18 novembre 1990, edizioni Leo S. Olschki, Firenze, 1994. ISBN 8822242610
Bibliografia
AA. VV., La pubblicazione delle scoperte archeologiche in Italia. Atti dei Convegni dei Lincei 144 (Roma, 11 dicembre 1997), Roma, 1998, p. 36.
Maria Grazia Marzi Costagli, Luisa Tamagno Perna, Studi di antichità in onore di Guglielmo Maetzke, Roma, Giorgio Bretschneider, 1984.
Giovannangelo Camporeale, Guglielmo Maetzke. Archeologo e lucumone, in Annuario 2006-2007 dell'Accademia Etrusca di Cortona, Cortona, 2008.
Giovannangelo Camporeale, Guglielmo Maetzke, in «Studi etruschi», n. 73, 2008, pp. I-XV.
A. Minetti, G. Paolucci (a cura di), Grandi archeologi del Novecento. Ricerche tra Preistoria e Medioevo nell'Agro Chiusino, Toscana Beni Culturali, n. 13, 2010, pp. 101-104.
Dizionario biografico dei soprintendenti archeologi (1904-1974), Bologna, Bononia University Press, 2012, pp. 430-441.
