Nato in una notabile famiglia di Sassari (il padre Stefano era un notaio)[1], iniziò i suoi studi in Sardegna per poi trasferirsi a Pisa, al collegio spagnolo di Bologna e nuovamente a Pisa dove conseguì la laurea in utroque iure nel 1567. Nello stesso anno pubblicò a FirenzeDe essentia infantis, l'unica opera pervenutaci della sua produzione giuridica. Rientrò poi a Sassari l'anno seguente dove divenne arciprete del Capitolo locale, ricoprendo importanti incarichi, giungendo a ricoprire l'incarico di vescovo di Bosa.
Negli anni seguenti della sua vita comporrà varie opere e si recherà diverse volte a Roma, dove risiederà per brevi periodi.
Raimondo Turtas, Giovanni Francesco Fara. Note biografiche, in Umanisti sassaresi nel '500. Le "biblioteche" di Giovanni Francesco Fara e Alessio Fontana, Sassari 1988, pp.9-27;
Bachisio Raimondo Motzo, Su le opere e i manoscritti di Giovanni Francesco Fara, in Studi sardi, I (1934), pp. 5-36;
Dino Gribaudi, La "Chorographia Sardiniae" di Giovanni Francesco Fara, in Atti dell'XI Congresso geografico italiano, II, Napoli 1930, pp. 2-12;
Osvaldo Baldacci, Sulla "Chorographia Sardiniae" di Giovanni Francesco Fara, in Archivio storico sardo, XXII (1939-40), pp. 50-96.
