In contrasto con le scelte del Movimento 5 Stelle, il 19 aprile 2012 partecipa alla trasmissione televisiva di Michele SantoroServizio pubblico.[4] Successivamente, il 6 settembre, in un servizio di Piazzapulita viene trasmesso un fuori onda in cui Favia utilizza parole molto dure nei confronti del cofondatore del Movimento, Gianroberto Casaleggio.[5] A causa di quanto detto, il 12 dicembre, assieme alla consigliera comunale di Bologna Federica Salsi, gli viene impedito da Beppe Grillo di utilizzare ulteriormente il logo del Movimento, cacciandolo, de facto, dal movimento.[6][7]
Risulta ad agosto 2013 impegnato con il nuovo movimento di Antonio Ingroia, Azione Civile, come responsabile ambiente.[10]
La permanenza nel Consiglio regionale (2013-2014)
Dopo la candidatura con Rivoluzione Civile rimane all'interno del Consiglio Regionale, diventando indipendente all'interno del Movimento 5 Stelle.[11][12]
Vicende giudiziarie
A febbraio 2019, per un articolo su Il Tempo del 2014 in cui definiva poco chiari i rapporti tra il Blog di Grillo e l'azienda milanese, è stato condannato per diffamazione ad una pena pecuniaria di 500 euro, una provvisionale di 5.000 euro in favore di Davide Casaleggio e una provvisionale di 10.000 euro in favore della Casaleggio Associati.[13]
Nel 2023 è stato accusato di violenza sessuale,[14], poi assolto nel maggio 2024.[15]
^ Beppe Grillo, Ritiro del logo del M5S, su beppegrillo.it, 12 dicembre 2012. URL consultato il 19 dicembre 2012 (archiviato dall'url originale il 14 dicembre 2012).
«Giovanni Favia ha deciso di non passare al gruppo misto, ma di restare all’interno del gruppo consiliare del Movimento 5 stelle come indipendente. È una scelta che non condivido assolutamente, ma che rientra tra le possibilità che gli strumenti legislativi gli consentono»
