Giovanna Sofia di Baviera (1373 circa – 15 novembre 1410) fu duchessa consorte d'Austria dal 1395 al 1404.
Giovanna era la figlia minore di Alberto I, duca di Baviera, e della sua prima moglie Margherita di Brieg. Era un membro della stirpe dei Wittelsbach.
Il 13 giugno 1395, Giovanna Sofia sposò a Vienna Alberto IV, duca d'Austria. Il matrimonio tra i due pose fine a una faida tra il padre di Giovanna Sofia e il padre di Alberto, Alberto III d'Austria. Il padre di Giovanna Sofia accettò il pagamento di 10000 Pfennig e cedette ad Alberto III la fortezza di Natternberg e la città di Deggendorf.
Dal matrimonio nacquero due figli, entrambi raggiunsero l'età adulta:
Alberto era spesso in conflitto spesso con i membri della famiglia di Giovanna Sofia, come il cognato Venceslao, re dei Romani, e il fratellastro Sigismondo, imperatore del Sacro Romano Impero. Questa situazione terminò solo con la morte di Alberto nel 1404. Giovanna Sofia organizzò i matrimoni per i suoi figli. Negoziò con Federico, duca di Baviera, per far sposare sua figlia Margherita con suo figlio, Enrico XVI, duca di Baviera. Enrico e Margherita si sposarono due anni dopo la morte di Giovanna Sofia.
Suo figlio Alberto sposò Elisabetta di Lussemburgo, unica figlia dell'imperatore Sigismondo.
Giovanna Sofia morì a Vienna all'età di trentasei o trentasette anni.
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