A lui si deve l'introduzione nella tassonomia della nomenclatura binomiale, che fu poi adottata da Linneo nel suo sistema di classificazione scientifica. Infatti, l'opera di Bauhin, Pinax theatri botanici (1596), fu la prima ad adottare questa convenzione per il nome delle specie. Egli ebbe inoltre interessi medici, in quanto discepolo del celebre Girolamo Mercuriale: si dedicò quindi anche alla nomenclatura dell'anatomia umana.
Suo fratello, Johann Bauhin, o Jean Bauhin, fu anch'egli un medico e botanico. Jean e Gaspard erano figli di Jean Bauhin (1511-1582), un medico francese che dovette abbandonare il proprio paese a causa della sua conversione al protestantesimo. Gaspard nacque così a Basilea e studiò medicina a Padova, Montpellier e in Germania. Ritornato a Basilea nel 1580, fu insignito del titolo di dottore e si dedicò a letture private sulla botanica e sull'anatomia.
Illustrazione della patata (Solanum tuberosum) estratta dal Pinax theatri botanici
Nel 1582 gli venne assegnata la cattedra di greco nella sua università, e nel 1588 quella di anatomia e botanica. In seguito divenne professore delle pratiche di medicina, rettore dell'università di Basilea e decano della sua facoltà.
In aggiunta al Pinax Theatri Botanici, Gaspard progettò un'altra opera, il Theatrum Botanicum, che doveva consistere di dodici parti, delle quali ne finì soltanto tre; solo una, comunque, venne pubblicata (1658). Inoltre egli donò un copioso catalogo di piante spontanee dei dintorni di Basilea, ed editò le opere di Pietro Andrea Mattioli (1500-1577) con considerevoli approfondimenti. La sua principale opera di anatomia fu Theatrum Anatomicum infinitis locis auctum (1592).
