In Erste Liga la squadra termina all'ultimo posto, occupato stabilmente dalla decima all'ultima giornata. In ogni caso, la rinuncia alla licenza professionistica da parte del Lustenau[1] consente al Blau-Weiß Linz di evitare la retrocessione diretta.
A fine stagione viene disputato lo spareggio contro il Parndorf, vincitore della Regionalliga Ost; la vincitrice dello spareggio disputerà la Erste Liga 2013-2014, la perdente scivolerà in Regionalliga.
In ÖFB-Cup viene eliminato nel primo turno per mano dell'Union St. Florian (2-1)[2].
^(DE) Beim FC Lustenau gehen die Lichter aus, su laola1.at, 24 gennaio 2013. URL consultato il 26 gennaio 2013 (archiviato dall'url originale il 27 gennaio 2013).