Copertina del Napoles recuperada por el Rey Alonso, edizione del 1658
Borja y Aragón era nipote di san Francesco Borgia, perciò era discendente di re Ferdinando II di Aragona e di Rodrigo Borgia (Papa Alessandro VI). Era parente anche di Carlo V. Nato ed istruito in Spagna, divenne un importante ufficiale presso la corte spagnola. Fu cavaliere commendatore dell'Ordine di Santiago e gentiluomo di Camera del re. Era noto anche per essere un letterato. Nel 1614 fu nominato viceré del Perù.
In Perù riorganizzò l'Università nazionale di San Marcos. Fondò anche, a Cuzco, il Colegio del Príncipe per i figli della nobiltà indigena ed il Colegio de San Francisco per i figli dei conquistadores. Istituì il Tribunal del Consulado, una corte speciale ed organo amministrativo per gli affari commerciali del vicereame. Potenziò la marina e l'artiglieria, e diede un forte impulso all'industria estrattiva del distretto di Chucuito, permettendo un aumento del gettito fiscale.
Nel 1617 divise il governo del Río de la Plata in due parti, Buenos Aires e Paraguay, entrambe dipendenti dal Vicereame del Perù. Fu sostenitore dei gesuiti, e collaborò con loro alla soppressione dell'idolatria e della stregoneria.
Alla morte del proprio mentore, Filippo III, Borja y Aragón tornò in Spagna imbarcandosi il 31 dicembre 1621. Qui si dedicò totalmente alla poesia, rielaborando e pubblicando alcuni dei poemi scritti in gioventù e scrivendo nuove opere in versi ed in prosa. Morì a Madrid nel 1658.
Gli abitanti di Lima lo conoscevano come el Virrey poeta (il viceré poeta) a causa del suo talento letterario.
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