Nacque da Francesco detto “il Vecchio”, della famiglia dei Carraresi.
Divenne signore di Padova nel 1388 per abdicazione del padre e dovette combattere contro Gian Galeazzo Visconti che occupò la città nel 1389. Francesco fu costretto a riparare prima a Pisa e in seguito a Firenze. Grazie all'appoggio dei fiorentini e col consenso della Serenissima i Carraresi riacquistarono il dominio di Padova nel giugno 1390 costringendo le milizie viscontee alla resa.
Al fine di espandere i confini della sua signoria, intraprese una guerra contro Francesco I Gonzaga, che aveva ottimi rapporti con i Visconti, per la conquista del mantovano. L'amicizia con i Gonzaga si rinsaldò nel luglio 1397, quando il figlio primogenito Francesco sposò Alda Gonzaga, primogenita del signore di Mantova. Grazie a questa alleanza strategica i Carraresi andarono in soccorso delle truppe gonzaghesche, appoggiate apertamente dai veneziani, contro i Visconti nella battaglia di Governolo avvenuta il 28 agosto 1397.
La guerra contro Milano proseguì anche dopo la firma della pace di Pavia del 1400 tra veneziani e milanesi. L'esercito dei Carraresi, al comando del figlio Francesco III, partecipò alla alleanza contro i Visconti e scese in campo nella battaglia di Casalecchio del 1402, risultando sconfitto. Nel 1404 strinse alleanza con i Della Scala di Verona contro lo strapotere visconteo. Nel 1405 Padova venne conquistata da Venezia e Francesco Novello col figlio Francesco III finirono nelle prigioni lagunari, dove entrambi furono uccisi nel 1406.
Terminò così anche la signoria dei Carraresi su Padova.
A Francesco il Novello si deve l'erbario padovano El libro agregà de Serapion (Londra, British Museum, Egerton Ms.2020), scritto e miniato per lui tra il 1390 e il 1403 da Andrea Amadio.
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