Il territorio fu abitato già in epoca nuragica e romana.
Nel medioevo appartenne al Giudicato di Torres e fece parte della curatoria della Planargia. Alla caduta del giudicato (1259) fu governato dai Malaspina e successivamente (1308) entrò a far parte del Giudicato di Arborea. Intorno al 1420 passò sotto il dominio del Regno di Sardegna aragonese e divenne un feudo, concesso inizialmente alla famiglia Villamarina, per poi essere incorporato nel XVIII secolo insieme a Suni (paese più recente) nel marchesato della Planargia, feudo dei Paliaccio. Fu riscattato agli ultimi feudatari nel 1839 con la soppressione del sistema feudale.
Lo stemma e il gonfalone del comune di Flussio sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 22 settembre 2014.[3]
«Stemma partito: nel primo, di rosso, al grappolo d'uva d’oro, unito al tralcio posto in fascia, al naturale, pampinoso di uno a destra, di verde; nel secondo, d'oro, al grappolo d'uva di rosso, unito al tralcio posto in fascia, al naturale, pampinoso di uno a sinistra, di verde; sul tutto la punta alzata, con il vertice all'altezza del punto d'onore, di azzurro, caricata dalla pianta di asfodelo, nodrita in punta, di verde, fiorita di uno, d'argento. Ornamenti esteriori da Comune.»
Il gonfalone è un drappo partito di giallo e di rosso.
Tra le attività economiche più tradizionali e rinomate vi sono quelle artigianali, che si distinguono per l'arte dell'intreccio, finalizzata alla produzione di cestini.[5]
Francesco Floris (a cura di), Grande Enciclopedia della Sardegna, Sassari, Newton&ComptonEditori, 2007. URL consultato il 5 dicembre 2012 (archiviato dall'url originale l'11 giugno 2012).