I fiumi del Nagorno Karabakh, a causa della configurazione del territorio che tende a farsi pianeggiante via via che ci si sposta verso est e verso sud abbandonando l'altopiano armeno, scorrono in direzione orientale e meridionale.
I principali terminano tutti nell'Araks a sud, nel Kura ad est o nei loro affluenti. La regione, montuosa, è ricchissima di corsi d'acqua ma in molti casi di lunghezza limitata o a carattere torrentizio.
I fiumi più importanti, in ripida discesa tra le montagne, hanno scavato con il tempo profonde gole o modellato pittoresche vallate.
Sostanzialmente possiamo distinguere quattro bacini idrici: il più importante di tutti è quello del Tartar che scorrendo a sud dei Monti Mrav raccoglie tutte le acque che scendono da queste verdi ed elevate montagne ricoperte di neve per molti mesi all'anno.
Un secondo bacino idrico è quello formato dai fiumi Karkar e Khachenaget che scorrono verso est attraversando il centro del paese (Askeran) raccogliendo le acque di molti torrenti di breve corso.
Un terzo bacino è quello del fiume Hakari che attraversa tutto il Kashatagh da nord verso sud e raccoglie affluenti che scendono dal plateau dell'Artsakh e (a sinistra) dalle montagne del distretto di Shushi e nel quale, prima dell'arrivo nell'Araks, confluisce l'armeno Vorotan.
Un quarto bacino idrico comprende corsi minori, per lo più a carattere torrentizio, che volgono verso sud-sud est confluendo nell'Araks ed interessano la regione di Hadrut.