Hähnel studiò architettura presso l'Accademia di Dresda e nel 1826 si recò a Monaco di Baviera, dove studiò architettura e poi scultura all'Accademia di belle arti, fino al 1831, dove incontrò Ernst Rietschel e Ludwig Schwanthaler. Quindi si recò a Roma, nel 1831, e visitò Firenze l'anno successivo con Gottfried Semper. Ritornò a vivere a Monaco nel 1835 e successivamente fu chiamato a Dresda da Semper nel 1838 e collaborò alla costruzione della Semperoper.
Ernst Hähnel scolpì una statua di Beethoven che fu fusa in bronzo nel 1845 a Bonn da Jacob Daniel Burgschmiet. Successivamente si reco a Praga dove realizzò una statua dell'imperatore Carlo IV, in occasione del 500º anniversario dell'Università di Praga. La statua è alta quattro metri e si trova vicino alla torre del Ponte Carlo nella città vecchia.
Le opere di Hähnel si trovano in tutta la Germania e in altri paesi europei, dove ebbe modo di lavorare. Ad esempio la statua equestre del Principe di Schwarzenberg a Vienna, presso la Schwarzenbergplatz, o la statua equestre del duca Federico Guglielmo di Brunswick di fronte al castello di Braunschweig, o la statua di Lessing a Lipsia (1883). Realizzò anche diverse opere per l'Opera di Vienna, come le allegorie della poesia classica e della poesia romantica.
L'obiettivo di Hähnel era quello di plasmare l'ideale della bellezza, secondo i canoni classici. Nel 1859 fu nominato Doctor Honoris causa dall'Università di Lipsia e cittadino onorario della sua città natale, l'11 ottobre 1883. Fu uno degli scultori che presero parte all'opera della Parade of Princes (Fürstenzug) a Dresda, per la quale scolpì l'ultimo gruppo.
(DE) Hähnel, Ernst, in: Ulrich Thieme, Felix Becker, etc.:Allgemeines Lexikon der bildenden Künstler von der Antike bis zur Gegenwart, tome V, Leipzig, E. A. Seemann, 1922, pp. 427–428