Ernesto Federico succedette al padre nel governo del ducato di Sassonia-Coburgo-Saalfeld alla di lui morte nel 1764 e pose definitivamente la sua sede di governo e residenza nella città di Coburgo. Già sotto il governo di suo padre, le finanze dello stato erano state fortemente compromesse dalla presenza di pesanti debiti ed altrettanti ne contrasse lo stesso Ernesto Federico quando salì al trono, motivo per cui il ducato venne rilevato dall'Imperatore Giuseppe II nel 1773 stabilendo una Debitkommision -amministrazione obbligatoria delle finanze da parte dell'impero- per i successivi trent'anni. Tale commissione venne inizialmente guidata dal principe Giuseppe Federico di Sassonia-Hildburghausen e poi dal duca Ernesto II di Sassonia-Gotha-Altenburg, i quali riuscirono a risanare le finanze statali e a garantire nel contempo al duca legittimo una rendita annua personale di 12.000 talleri.
A livello di governo, invece, Ernesto Federico introdusse il gioco del lotto nel 1768 col fine si sostenere finanziariamente gli orfanotrofi del paese, dal momento che lo stato non era più in grado di sostenerne le spese, ma nel contempo si poneva un problema importante sulla gioventù abbandonata. Promosse anche l'agricoltura. Lo scrittore Moritz August von Thümmel fu il suo ciambellano.
Gli ultimi anni e la morte
Nel 1799, le finanze dello stato vennero considerate risanate ed il duca, all'età di 75 anni, poté tornare finalmente a governare senza commissariamento imperiale, ma morì appena sedici mesi dopo, l'8 settembre 1800, nella sua residenza di Coburgo.
Francesco Federico (1750-1806), sposò nel 1776 la principessa Sofia di Sassonia-Hildburghausen (1760–1776). In seconde nozze nel 1777 sposò la contessa Auguste Reuß zu Ebersdorf (1757–1831);
Ludovico Carlo Federico (1755-1806), feldmaresciallo imperiale, ebbe discendenza illegittima con la sua amante, Brutel de la Riviére, originando così il ramo dei baroni von Coburg che esiste ancora oggi;