Di idee liberali, fu oppositore dei Borboni, prendendo parte ai moti del 1848. L'anno successivo pubblicò il suo Manuale di diritto costituzionale che gli procurò la persecuzione della polizia e poi il carcere. Nel 1856 sposò Giulia Settembrini, figlia di Luigi Settembrini, all'epoca del matrimonio recluso nell’Isola di Santo Stefano. Nel 1860 Pessina fuggì dal Regno e risiedette a Livorno, per essere nominato l'anno dopo professore di diritto nell'Università di Bologna.
Morì nel 1916 nella sua casa in via del Museo Nazionale, strada che prese in seguito il suo nome: via Enrico Pessina. Anche il palazzo dove visse e morì è da allora ricordato col suo nome.
Intitolazioni
Presso la sede storica dell'Università Federico II di Napoli c'è un'aula a lui intitolata.
il Naturalismo e le scienze giuridiche, discorso inaugurale letto nella Regia Università di Napoli il 17 dicembre 1878 da Enrico Pessina, Napoli: Tipografia dell'Accademia Reale delle Scienze, 1879 1876
^La voce dell'Enciclopedia Italiana a cura di Emilio Albertario (vedi Bibliografia) indica la data del 7 ottobre 1828.
^Enrico Pessina (a cura di), Storia della filosofia di Pasquale Galluppi. A cui si aggiunge l'elogio funebre, Milano : Gio. Silvestri, 1847. La data del 7 ottobre si ricava dal portale antenati al seguente link: https://antenati.cultura.gov.it/ark:/12657/an_ud19981920
^abcdefgEnrico Pessina, su Patrimonio dell'Archivio storico Senato della Repubblica - senato.it.
Biografia di Enrico Pessina a cura di Luciano Malusa, in La storiografia filosofica in Italia nell'Ottocento, sito del Dipartimento di Filosofia dell'Università di Genova.