Figlio del conte Joseph von Waldstein e di sua moglie, Maria Josepha von Trauttmansdorff-Weinsberg, Emanuel Philibert sposò la principessa Maria Anna Teresa del Liechtenstein il 21 maggio 1754, alla quale fece come regalo di nozze alla casa di caccia Lichtenwald vicino a Fleyh. Dopo che i conti di Wartenberg si estinsero, i conti di Waldstein ottennero nel 1758 il permesso di assumerne il cognome e lo stemma, oltre a tutti i beni.
Nel feudo ereditato di Dux, decise di costruire una fabbrica calzaturiera ed una miniera di carbone dati i ricchi giacimenti di cui disponeva l'area. Nel 1775 fondò un orfanotrofio nella fabbrica di tessuti di Ober-Leitensdorf.
Dopo la sua morte, venne succeduto dal primogenito Joseph Karl Emanuel.
Matrimonio e figli
Nel 1754 si sposò in prime nozze con la principessa Maria Anna Teresa del Liechtenstein, figlia del principe Emanuele e di sua figlia, Maria Anna Antonia di Dietrichstein-Weichselstädt, dalla quale ebbe i seguenti eredi:
Joseph Karl Emanuel von Waldstein und Wartenberg (1755–1814), conte di Waldstein-Wartenberg
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