«Sono convinto che chi non legge resta uno stupido. Anche se nella vita sa destreggiarsi, il fatto di non ingerire regolarmente parole scritte lo condanna ineluttabilmente all'ignoranza, indipendentemente dai suoi averi e dalle sue attività.»
Gli antenati paterni erano di origine francese; il suo cognome, Bunker, è la forma anglicizzata del nome di origine francese "bon coeur", buon cuore. Nato a Hollywood, fin da ragazzino Eddie conobbe il disagio sociale e le difficoltà di inserimento nella società: dopo ripetute fughe, in seguito al divorzio dei genitori, fu affidato al servizio sociale. Poco dopo entrò in ospedale psichiatrico e poi in riformatorio. A 17 anni fu il più giovane recluso di tutti i tempi nel famoso carcere di San Quintino.
Louise Fazenda, una ex star del cinema muto e moglie del produttore cinematografico Hal B. Wallis, con la quale Bunker aveva stretto amicizia durante il periodo intercorso tra la prima e la seconda reclusione, grazie alla sua influenza riuscì a fargli recapitare una macchina per scrivere con cui Bunker scrisse i primi racconti. Il primo romanzo fu pubblicato solo nel 1973, No Beast So Fierce (in italiano, Come una bestia feroce). Nel 1975, dopo una vita passata a entrare e a uscire da prigioni e a infrangere la libertà provvisoria, trovò il successo letterario e una vita tranquilla.
Eddie Bunker ha lavorato molto anche per il cinema, che gli ha dato la possibilità di sopravvivere fuori dal carcere. Ha scritto diverse sceneggiature per alcuni film, sempre di genere crime o poliziesco, e ha lavorato come consulente tecnico per alcune altre pellicole (Robert De Niro lo richiese per aiutarlo nel suo ruolo per Heat - La sfida). I suoi libri hanno dato vita a loro volta ad alcune pellicole: Steve Buscemi ha diretto Animal Factory (nel quale Bunker appare in un cameo), mentre da Come una bestia feroce fu tratto il film Vigilato speciale, con Dustin Hoffman e lo stesso Eddie Bunker.
Ha soprattutto avuto una discreta fortuna come attore, ottenendo ruoli più o meno importanti in film come Vigilato speciale, Tango & Cash e Le iene. In quest'ultimo film, diretto da Quentin Tarantino, interpreta la parte di uno dei rapinatori protagonisti della vicenda, Mr. Blue: un ruolo piccolo, quasi un cameo, scritto da Tarantino (accanito fan dei suoi romanzi) apposta per lui, e rimasto la sua immagine più celebre. Altre piccole apparizioni nelle vesti di carcerato sono quella nel film del 1985 A 30 secondi dalla fine (Runaway Train) di Andrei Konchalovsky (di cui Bunker ha firmato la sceneggiatura) e quella nel film L'altra sporca ultima meta (The Longest Yard) diretto da Peter Segal nel 2005.