Atkinson fu al centro di due controversie: una per non aver reso possibile l'utilizzo dei cani da slitta per aiutare il gruppo di Scott sulla via del ritorno e l'altra sui possibili segni di scorbuto sui corpi del gruppo di Scott.
Morì improvvisamente durante un viaggio per mare nel 1929, a 47 anni: Atkinson si trovava nel Mediterraneo a bordo di una nave diretta in Inghilterra. Venne sepolto in mare.