La diocesi di Prizren fu probabilmente eretta nel V secolo, anche se i riscontri documentali sono piuttosto tenui, limitandosi a menzionare un Paulus episcopus Prinatenus, che sottoscrisse nel 458 la lettera dei vescovi della provincia dell'Epiro Nuovo all'imperatore Leone in seguito all'uccisione del patriarcaProterio di Alessandria.[2] Si ipotizza che questa sede possa essere erede di Giustiniana Seconda (che prima aveva il nome di Ulpiana) che fu distrutta nelle invasioni barbariche.
Nei secoli seguenti della diocesi si perde ogni traccia, fino a quando nel 1020 non è menzionata nuovamente. In questo periodo era suffraganea di Ocrida e dopo lo scisma interruppe la piena comunione con la Chiesa d'occidente. Comunque fino al XII secolo era sicuramente attiva ed era suffraganea dell'arcidiocesi di Antivari.
Dopo l'inizio del Duecento inizia un nuovo periodo di decadenza e di oscurità in seguito alla presenza dei Serbi prima e dei Turchi poi.
Nella seconda metà del XVII secolo era suffraganea dell'arcidiocesi di Durazzo (oggi arcidiocesi di Tirana-Durazzo). All'inizio del XVIII secolo fu nominato l'ultimo vescovo, dopo il quale di questa diocesi non si conosce più nulla.
Nel 1933 il titolo Prisrianensis fu annoverato tra le sedi vescovili titolari della Chiesa cattolica[3], fino al 2 ottobre 1969 quando, in forza della bollaAd Ecclesiam Christi di papa Paolo VI, fu unito alla diocesi di Skopje, che mutò il proprio nome in quello di Skopje-Prizren. Contestualmente la chiesa della Madonna del Perpetuo Soccorso di Prizren fu eretta a concattedrale della diocesi di Skopje-Prizren.
L'amministrazione apostolica di Prizren (Administratio apostolica Prisrianensis) fu eretta il 24 maggio 2000 con la bolla Apostolicum munus di papa Giovanni Paolo II in seguito alla divisione della diocesi di Skopje-Prizren, da cui ha tratto origine anche la diocesi di Skopje.
Il 5 settembre 2018 l'amministrazione apostolica è stata elevata al rango di diocesi, con il nome attuale, in forza della bolla Demandatum Nobis di papa Francesco.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
Petar Katić † (12 febbraio 1618 - marzo 1622 deceduto)
Sede vacante (1622-1651)
Franjo Svimirović, O.F.M.Obs. † (27 febbraio 1651 - 20 marzo 1656 nominato arcivescovo di Acrida)
Giovanni Felice Bernabei, O.F.M.Conv. † (5 novembre 1689 - 26 dicembre 1702 deceduto) (vescovo titolare)[4]
José Antonio Jaspe Montenegro † (18 marzo 1705 - ?) (vescovo titolare)[5]
Ivan Romanov † (6 luglio 1942 - 8 gennaio 1953 deceduto) (vescovo titolare)[6]
^Tuttavia, secondo l'edizione critica della Collectio Sangermanensis, che contiene le lettere del 458 indirizzate all'imperatore, il termine Prinatenus è ritenuto corrotto e interpretato come Dribastenus, ossia Drivasto. Concilium universale Chalcedonense. Volumen sextum, prosopographia et topografia, actorum calcedonensium et encycliorum indices, edidit Eduardus Schwartz, «Acta Conciliorum Oecumenicorum», II/6, Berlino-Lipsia 1938, p. 100.
