Coyoacán è un antico villaggio preispanico, capitale dei Tepanechi, che nel tempo è stata fagocitata dalla città durante la sua espansione. Nel 1332 i Tepanechi vi si stabilirono, facendola diventare il principale centro commerciale della riva sud del Lago Texcoco.
Nel 1824 viene fondato il Distrito Federal con decreto dell'Assemblea Costituente, ma è solo nel 1855 che Coyoacán entra a far parte della Terza Prefettura. Nel 1934 il centro storico di Coyoacán è dichiarata Zona Tipica e tradizionale.
^Il vocabolo Coyoacán è il risultato di una serie di trasformazioni che subì nella scrittura e nella pronuncia la parola nahúatl Coyōhuahcān, del cui significato vi sono varie accezioni, tra le quali si distinguono: 1) Coyote magro, 2) Luogo dei pozzi di acqua, 3) Territorio dei coyote.
La versione più accettata è quella che lo definisce come luogo di coloro che possiedono coyote, basata sulla spiegazione del toponimo originale che si compone di tre voci nahua: coyōtl (coyote), hua (possesso) e cān (luogo). Delegazione CoyoacánArchiviato il 22 luglio 2011 in Internet Archive.